Наманганская областная инфекционная больница создана в 1956 году. В 1962 году начал работу корпус с дополнительными боксерскими палатами. В 2012 году в нем был произведен капитальный ремонт, и количество посадочных мест было установлено на 240 мест. Из них 160 коек для детей и 8 коек для взрослых.
В соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан № ПФ-6035 от 25 июля 2020 года, Постановлением № ПК4790 от 27 июля 2020 года, Приказом Министра здравоохранения Республики Узбекистан от 16 ноября 2020 года. № 291 переименован в Наманганский филиал Научно-практического медицинского центра эпидемиологии, микробиологии, инфекционных и паразитарных болезней.
В настоящее время в больнице 8 отделений.